康奈爾大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發(fā)了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不僅推動了單細(xì)胞基因組學(xué)發(fā)展，而且為感染和免疫生物學(xué)研究提供了一條新途徑。
這篇題為“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing and Transcriptome Profiling in Single Cells”的文章最近發(fā)表在Nature Methods雜志，De Vlaminck實驗室的博后研究員Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是這篇文章的主要作者。
2015年，來自哈佛大學(xué)和麻省理工學(xué)院的研究人員開發(fā)了Drop-seq，一種使用納米級液滴，并向每個細(xì)胞的RNA附加唯一的識別符號，同時且有效表征數(shù)千細(xì)胞特性的方法，而且非常便宜，對許多實驗室來說可以很容易實現(xiàn)。
“現(xiàn)在這項技術(shù)非常流行，因為它降低了這類分析的成本，”De Vlaminck說。然而，缺點是它們只能識別某種信使RNA（mRNA），限制了其他潛在分析范圍。
De Vlaminck等人提出了一個簡單、廉價的改進(jìn)方法，他們將其命名為：液滴輔助RNA靶向單細(xì)胞測序 (droplet-assisted RNA targeting by single-cell sequencing，DART-seq)。
Drop-seq將每個細(xì)胞封裝在啟動細(xì)胞mRNA逆轉(zhuǎn)錄的標(biāo)記微粒中，DART-seq的改進(jìn)之處在于，在Drop-seq常規(guī)分析之前，采用酶法定制空心珠，從而回收和分析更多種類分子。
此外，該技術(shù)能夠區(qū)分病毒感染細(xì)胞，并定量病毒和宿主基因表達(dá)，從而能夠輕而易舉地在單細(xì)胞水平上檢查宿主對病毒感染的反應(yīng)。
“單株病毒極具多樣性，正因如此，它們可以做許多不一般的事，”Burnham說。“如果你能縮小到單細(xì)胞水平，你就可以看到病毒微小變化是如何導(dǎo)致細(xì)胞應(yīng)答的巨大差異。”
Saikia認(rèn)為DART-seq對癌癥治療可以提供許多有益信息。“癌細(xì)胞是非常異質(zhì)性的，”她說。“如果你不從單細(xì)胞水平觀察它們，你就會錯過重要信息，所以我們才需要有更鋒利的工具。”
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