1998年,美國科學家Andrew Fire和Craig Mello在Nature[1]雜志上發(fā)表了一篇開創(chuàng)性的論文,確定了雙鏈RNA(dsRNA)是線蟲中轉(zhuǎn)錄后基因沉默(PTGS)的誘因。他們將這種現(xiàn)象稱為RNA干擾(RNAi)。
RNAi的發(fā)現(xiàn)解釋了植物和真菌中令人困惑的基因沉默現(xiàn)象,并引發(fā)了生物學上的一場革命,最終,研究證明,非編碼RNAs是多細胞生物中基因表達的主要調(diào)控因子。RNAi通路在幾乎所有人類細胞中調(diào)控著mRNA的穩(wěn)定性和翻譯。
2001年,Sayda M.Elbashir等發(fā)表的一篇Nature[2],以及Natasha J. Caplen等發(fā)表的1篇PNAS[3]證實,由21和22個核苷酸組成的dsRNAs能夠在哺乳動物細胞中誘導(dǎo)RNAi沉默,且不會引起非特異性干擾素反應(yīng)。這些小干擾RNA(siRNAs)很快就成為生物學研究中無處不在的工具,因為它們能夠通過一段堿基序列輕易地抑制任何基因。
對藥物開發(fā)人員來說,siRNAs的效力和多功能性、抑制編碼蛋白質(zhì)的基因的前景以及有望成為“可編程”藥物的潛力都非常“誘人”。到2003年,已有很多家公司布局RNAi療法。
不幸的是,第一次使用未經(jīng)修飾的siRNAs進行的臨床試驗產(chǎn)生了與免疫相關(guān)的**,以及可疑(不確定)的RNAi效應(yīng)。第二波臨床試驗使用了系統(tǒng)給藥的siRNA納米顆粒制劑,盡管取得了重要進展(如,首次證實,siRNA納米顆粒系統(tǒng)給藥可在人體內(nèi)產(chǎn)生RNAi效應(yīng)),但依然表現(xiàn)出了顯著的劑量限制**以及療效不足。這些研發(fā)中暴露的問題使得大部分制藥公司在2010年代早期退出了RNAi領(lǐng)域,這給RNAi藥物的研發(fā)帶來了資金危機。
不過,盡管面臨這些挑戰(zhàn),一些小型RNAi公司和學術(shù)研究人員并沒有就此放棄。他們吸取了以往臨床試驗失敗的慘痛教訓(xùn),堅持對觸發(fā)器設(shè)計、序列選擇、化學修飾和遞送機制進行改進。在這些方面取得的實質(zhì)性進展,結(jié)合更加明智的疾病適應(yīng)癥選擇、更好的驗證干預(yù)途徑、更成熟的臨床開發(fā)過程以及改善的生產(chǎn)制造能力,創(chuàng)造出了一條更加安全、有效的候選RNAi藥物管線。
2018年8月10日,美國FDA批準Alnylam公司作用于肝 臟的siRNA藥物——ONPATTRO (patisiran),用于治療遺傳性轉(zhuǎn)甲狀腺素蛋白淀粉樣變性(hATTR)引起的神經(jīng)損傷。
hATTR是一種罕見的、遺傳性、危及生命的神經(jīng)退行性疾病,由周圍神經(jīng)系統(tǒng)、心臟、胃腸道和其它器官中轉(zhuǎn)甲狀腺素蛋白(transthyretin, TTR)淀粉樣蛋白沉積引起?;颊呋加羞M行性神經(jīng)病、心肌病、行走障礙和各種其它衰弱癥狀,診斷后中位生存期為5-15年。
大多數(shù)TTR在肝 臟中產(chǎn)生。TTR中有>120個突變就能導(dǎo)致hATTR。Patisiran通過沉默肝細胞中野生型和突變型TTR mRNAs來降低血清中TTR蛋白的水平(圖2)。Patisiran的批準給hATTR患者帶來了新的希望,讓RNAi藥物系統(tǒng)性遞送到肝 臟組織在臨床上成為現(xiàn)實,預(yù)示著RNAi治療領(lǐng)域進入了新時代。
3月7日,來自美國Beckman研究所的3位科學家就“RNAi藥物設(shè)計和研發(fā)方面的關(guān)鍵進展、目前臨床管線的狀態(tài)以及未來的發(fā)展前景”在Nature Reviews Drug Discovery[4]雜志上發(fā)表了一篇深度綜述。
文章介紹了RNAi的機制以及早期發(fā)現(xiàn)歷史,總結(jié)了目前在合成RNAi觸發(fā)器中使用到的基序、設(shè)計規(guī)則和化學修飾,討論了多種藥物遞送途徑,評估了RNAi藥物管線的當前臨床狀態(tài),對比了patisiran和后續(xù)候選藥物,并分析了RNAi領(lǐng)域未來的機會和挑戰(zhàn)。
藥物設(shè)計與開發(fā)
為了利用哺乳動物的RNAi通路對假定的治療靶點進行有效的特異性抑制,RNAi藥物制劑必須克服與藥效學相關(guān)的挑戰(zhàn)(包括靶向特異性、脫靶RNAi活性、免疫傳感器介導(dǎo)的細胞**)以及與藥物動力學相關(guān)的、在系統(tǒng)循環(huán)、細胞攝取和內(nèi)涵體逃逸(siRNA從內(nèi)涵體逃逸到細胞質(zhì)中可增強RNAi效果[5])方面的挑戰(zhàn)。而這些挑戰(zhàn)是通過RNAi觸發(fā)器的結(jié)構(gòu)基序、序列選擇和化學修飾以及遞送途徑和賦形劑(輔料)的選擇和設(shè)計來解決的。
結(jié)構(gòu)基序
雖然RNAi通路酶對dsRNA分子的相容性有限制性的結(jié)構(gòu)要求,但科學家們已開發(fā)出了一系列具有不同結(jié)構(gòu)基序和功能特性的合成RNAi觸發(fā)器。合成RNAi觸發(fā)器通常是完全堿基配對的dsRNAs或短發(fā)夾RNA(shRNAs),總長度在15到30bp之間。短于15bp的dsRNAs會失去參與RNAi機制的能力,而長于30bp的dsRNAs則能夠通過激活PKR通路誘導(dǎo)非特異性細胞**。
序列選擇
2016年,1篇發(fā)表在Cancer Gene Therapy[6]上的綜述提供了用于siRNA設(shè)計的軟件包列表,并推薦了使用protocols。通過對其中涉及的一些問題的討論,綜述指出,未來,RNAi藥物的開發(fā)人員可能需要在合理的靶點周圍進行廣泛的靶點序列篩選,以確定候選藥物。
化學修飾
對RNAi藥物來說,化學修飾(組織靶向配體除外)有兩個基本功能。首先,它們通過削弱檢測dsRNA的內(nèi)源性免疫傳感器的激活,大大提高了安全性;其次,它們通過增強dsRNA觸發(fā)器抵抗內(nèi)源性核酸內(nèi)切酶和外切酶降解的能力,大大提高了效力。除了這些功能外,化學修飾還可以改善序列選擇性以降低脫靶RNAi活性,以及改變物理和化學性質(zhì)以增強遞送。
遞送賦形劑
dsRNA觸發(fā)器的化學修飾、大小、親水性和電荷都對系統(tǒng)循環(huán)、外滲、組織滲透、細胞攝取以及內(nèi)涵體逃逸構(gòu)成了重大挑戰(zhàn)。許多化學賦形劑(輔料)已被開發(fā)出來以克服這些障礙,包括納米顆粒、脂質(zhì)納米顆粒(LNPs)、聚合物、樹狀大分子、核酸納米結(jié)構(gòu)、外泌體和GalNAc偶聯(lián)蜂毒素樣肽(NAGMLPs)。siRNA常見的靶向配體包括適配體、抗體、多肽和小分子(如GalNAc)。
給藥位置
除賦形劑外,給藥方法和給藥部位對RNAi藥物的生物利用度和生物分布也有深遠的影響。臨床開發(fā)中的RNAi藥物涉及的給藥方式包括通過靜脈注射和皮下注射進行系統(tǒng)給藥、通過吸入(肺中)或特定位置注射(如眼內(nèi)、腦脊液)等方式進行局部給藥。
臨床產(chǎn)品
目前,除已被批準上市的patisiran外,針對肝 臟、腎 臟和眼部適應(yīng)癥的多種候選藥物正在進行I、II和III期臨床試驗(表2);此外,在接下來的兩年里,一些靶向中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)和其它非肝 臟組織的IND申請“迫在眉睫”。此外,用于RNAi有效載荷(特異性增強)和賦形劑的新技術(shù)有望在未來5年內(nèi)帶來新的適應(yīng)癥突破。
當然,需要指出的是,RNAi藥物的藥物動力學、藥效學和**限制策略方面仍有很大的改進空間。一些新技術(shù)的出現(xiàn)有望實現(xiàn)這一目標,如改善內(nèi)涵體逃逸的技術(shù)、增加RNAi療法有效性和安全性的抗體偶聯(lián)技術(shù)、降低LNPs**的技術(shù)、改善遞送方式的技術(shù)、快速逆轉(zhuǎn)RNAi活性的技術(shù)(許多RNAi藥物一次給藥后療效持續(xù)數(shù)周,可能會引發(fā)毒副作用)、限制RNAi藥物在特定細胞中發(fā)揮作用的技術(shù)、豐富臨床前動物模型的技術(shù)等。
但綜合來說,目前的進展表明,未來10年,RNAi療法有非常多值得期待的地方。
總結(jié)
從1998年發(fā)現(xiàn)RNAi現(xiàn)象,到2006年兩位發(fā)現(xiàn)者共同獲得諾貝爾生理學或醫(yī)學獎,再到2018年全球首款RNAi藥物獲批,這20年的開發(fā)歷史證明了堅持的力量。毫無疑問的是,隨著相關(guān)技術(shù)的不斷進步,未來RNAi療法會取得更多的突破。
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